A Justiça no Brasil surge com a instalação das Capitanias hereditárias. Desde que respeitassem aos costumes de Portugal, os donatários tinham garantidos, nos documentos forais e nas cartas de doação, o direito de criar cargos de governo e de Justiça para as capitanias instaladas. Surge assim, em 1532, na vila de São Vicente, uma estrutura jurídica que seria reproduzida em outras capitanias. Na base desse sistema aparecem as figuras dos Juízes Ordinários e dos Vereadores, eleitos pela população para produzir e aplicar a lei. No topo, como figura central da Justiça, aparece o Ouvidor de Capitania. Designado diretamente pelo donatário, o ouvidor era a autoridade revisora. A ele competia julgar as apelações e avaliar as listas eleitorais de Juízes e Vereadores, das quais podia excluir os nomes que não agradassem ao donatário.

Com a consolidação das primeiras capitanias, surge a necessidade de um governo geral para administrar a colônia. Instalado na Bahia, em 1549, o governo instaura a figura do ouvidor geral. O primeiro foi Pero Borges, desembargador da Casa da Suplicação. Além de julgar os pleitos em primeira instância, o desembargador era responsável por controlar a atuação dos Juízes da Bahia e fazer correições em todas as capitanias do governo, revisando as sentenças dos seus ouvidores. As determinações punham fim a privilégios concedidos anteriormente aos donatários, mas acabaram por ser aceitas como formas inevitáveis de controlar a anarquia existente então nas capitanias.

O sucesso da Ouvidoria Geral, no entanto, não foi suficiente para impedir os abusos de poder. Insatisfeita, a população exigia a instalação de uma corte coletiva. Surge a proposta de instalar um novo Tribunal no Brasil, baseado num amplo estudo da estrutura jurídica portuguesa, realizado pelo jurista Rodrigo Vásquez de Arce. A nova relação deveria chegar a Salvador em 1588, acompanhando o governador Francisco Giraldes. Um contratempo, porém, impediu a viagem dos desembargadores e a instalação da relação, tão questionada desde o princípio, acabou sendo adiada para um outro momento.

Quase 20 anos depois, em 1606, o projeto volta a ser estudado pelo então governador Diogo Botelho. Três anos depois, em 7 de março de 1609, é finalmente regimentada a Relação do Estado do Brasil. Composta por dez desembargadores, a relação era organizada da seguinte maneira: um Ouvidor Geral, cargo mantido do antigo regime; um Chanceller, que servia também como Juiz da Chancellaria; três Desembargadores dos Agravos e Apelações; dois Desembargadores Extravagantes, um Juiz dos Feitos da Coroa, Fazenda e Fisco; um Procurador dos Feitos da Coroa, Fazenda e Fisco, que servia também como Promotor da Justiça, e um Provedor dos Defuntos e Resíduos. Além dos desembargadores, o Governador tinha papel relevante no novo Tribunal. Intervinha na Justiça, exercendo o papel que antes pertencia ao regedor da Casa de Supliciação e dispunha da Relação como conselho consultivo para assuntos políticos e administrativos. A Relação inicial sobrevive até mesmo à invasão holandesa, subsistindo até 1626, quando foi desinstalada para servir aos esforços militares na reconquista de Salvador.

O Tribunal só volta a ser instalado em 1654, com base num novo regimento. Passa a funcionar na sua primeira sede própria. Construído entre 1624 e 1627, o Palácio da Relação contou, de início, com uma estrutura simples, sendo ampliado e reformado apenas no final do século, durante o governo de João de Lancastre. A Relação da Bahia era uma peça fundamental para a presença portuguesa na América. O Brasil era sua mais importante colônia e Salvador, a maior cidade do mundo ao sul do equador.

Em 1751, a Bahia perde o privilégio de ter o único Tribunal do Estado do Brasil. Em 13 de outubro, é instalada a Relação do Rio de Janeiro, com jurisdição sobre Minas Gerais e as Capitanias do Sul. O centro do poder econômico estava mudando e o fluxo de ouro e diamantes exigia o desenvolvimento de um porto na região Sul-Sudeste. Em 1763, a capital se estabelece no Rio de Janeiro. Em 1808, a cidade recebe Dom João VI e passa a abrigar também a Casa de Supliciação. Com a independência, o império se institucionaliza e a Constituição de 1824 garante aos estados – então chamados de províncias - o direito de instalar suas próprias Cortes de Justiça. Com isso, a Justiça se diversifica e a Relação da Bahia perde a sua extensa jurisdição.

Extinta pela Constituição de 1891, a Relação da Bahia foi substituída pelo Tribunal de Apelação e Revista. O novo tribunal começa a funcionar em 1892, usando a mesma estrutura física da antiga Relação. Até mesmo um desembargador é mantido, trocando apenas seu título pelo de conselheiro, como previa a nova constituição. Em 1915, porém, uma reforma constitucional traz de volta a tradicional denominação de desembargador. O Tribunal, no entanto, ainda mudaria de nome duas vezes, sempre por determinação constitucional. Em 1935 passa a chamar-se Corte de Apelação e em 1957 recebe, finalmente, a denominação de Tribunal de Justiça do Estado da Bahia.